加藤さん、メールありがとうございます。老人の方々が感謝の気持ちで支払ったお金を盗むとは、運行管理者の行為は許しがたいですね。
会社や営業所の規模がわかりませんが、営業所内（内部）で起こっていることに関して、外部の者が調査によって証拠を掴むのはなかなか難しいと思われます。
証拠とは、事の真偽を判断するための根拠となるものです。犯行に及んでいる場面を撮影、あるいは目視で確認するなどが有力な証拠になりえますが、現時点では運行管理者がどのような状況でビニールパックしているか不明なので、他の方法をご提案いたします。
全運転手が気付いているということなので、他の運転手に協力してもらい、運行中に千円札（他の札も含む）がバスの金庫に何枚入ったか、もしくは確認できるようであれば、運行終了時に金庫に札が何枚入っているかを記録します。
さらに、自腹になりますが、運行中に千円札の裏にボールペンで幼稚なイラストを描いた札を紛れ込ませます。
これを３日間ほど行ったのち、利用者から「孫が絵を描いてくれた千円札を間違って運賃箱に入れてしまったので、探して別の札と交換して欲しい」と要望があった旨を営業所の所長（運行管理者の上司）に伝えます。そして、所長や投函した運転手と一緒に金庫内の札を確認します。
このとき、イラストが描かれた札がなければ、誰かが詐取したと問題提起できます。同時に協力してもらった運転手が確認した札の枚数を日ごとに集計しておき、総枚数と金庫内の札の枚数の差を確認するのです。
本来、本社の関係者を含めて確認、および証拠収集を行うことが賢明ですし、良識ある企業であれば、使い込みによる横領事件として適切に対応すると思われますので、是非参考にしてください。
ガルエージェンシー福岡北／ガルエージェンシー博多駅前／ガル探偵学校博多校
代表・山戸 規生（0120-549-007）
福岡市と北九州市に事務所を置く。福岡県内はもちろん、九州全土から山口県に至るまで土地を知り尽くし、バイク班を編成した機動力・調査力は群を抜く。調査後のアフターフォローにも重きを置き、弁護士や司法書士とも連携。「ご依頼者様のために」を合言葉に、１０年以上ノ―クレームを継続している。